В санатории получают комплексное лечение дети в возрасте от 7 до 15 лет с заболеваниями желудочно-кишечного тракта, печени, желчевыводящих путей, с заболеваниями верхних дыхательных путей, кроме этого разработаны протоколы (стандарты) санаторно-курортной помощи детям с заболеваниями кожи и подкожной клетчатки, опорно-двигательного аппарата (остеохондроз, сколиоз, нарушение осанки). Данные протоколы разработаны Томским НИИ курортологии и физиотерапии в условиях детского санатория (Озеро Шира).
Природный лечебный потенциал представлен озерной минеральной водой, минеральной водой из скважины № 20 и сульфидными иловыми грязями. Минеральная вода озера Шира относится к группе высокоминерализованной бромно-хлоридно-сульфатно-магниево-натриевой щелочной воде.